참여연대는 검찰(서울중앙지검 형사1부 정진웅 부장검사)이 서울시공무원 간첩조작사건으로 피해자 유 모씨로부터 고소당한 국정원 직원 등을 지난 3월 기소하면서, 정작 공판 당시 조작된 증거를 제출했던 이시원 전 검사, 이문성 수원고검 검사 등은 불기소처분한데 대해 불만을 표시했다.
참여연대는 "‘검사만 불기소’ 결론, 검사와 검찰의 ‘제 식구 감싸기’가 아니라면 어떻게 이해해야 할까? 검찰과거사위원회의 조사결과와도 상반되는 검사 불기소처분과 관련하여 법무부와 검찰의 더 정확한 해명이 필요하다"고 주장했다.
참여연대는 "검찰의 제식구 감싸기 결론은 이번이 처음이 아니다"라고 지적하고 피해자 동생에 대한 구금과 협박, 회유 등 증언조작이 확인된 1심에 이어 2심에서도 출입경기록 관련 문서 등 증거조작이 드러나자, 뒤늦게 검찰은 2014년 윤갑근 당시 대검강력부장을 수사팀장으로 하여 자체수사에 나섰으며 그때도 국정원 직원들만 기소하고 검사들에 대해서는 강제수사도 없이 모두 무혐의 처분했다'고 지적했다.
참여연대에 따르면, "2018년 검찰과거사위원회도 이 사건을 조사대상으로 선정하고, 당시 국정원이 건넨 자료들에 대해 검사들이 사실상 허위임을 알고도 묵인했을 가능성, 검증을 소홀히 한 정황 등을 확인했다". "이 결과 발표 이후 피해자 유 모씨는 검사 2명과 국정원 직원 4명 등에 대해 직접 고소장을 접수했으나 검찰은 이번에도 국정원 직원들만 추가 기소하고 검사들에 대해서는 또다시 불기소한 것이다"
참여연대는 "검사들은 정말로 국정원의 조작 사실을 몰랐을까? 정말 몰랐다 해도 적법한 수사지휘와 인권보호 등 검사의 책무를 저버린 직무유기 행위로 처벌받아 마땅하다"고 주장하고 "검찰의 과거사 청산은 아직도 요원하다"고 지적했다.
참여연대는 또 "공수처가 신속하게 출범하여 검사들의 권한남용을 수사하고, 제대로 기소하여 이 신화를 깨뜨릴 것을 기대한다"고 덧붙였다.